Հայաստանում քրիստոնեության պաշտոնական կրոն ճանաչվելուց հետո Վաղարշապատի դերը երկրի կյանքում առավել ևս մեծանում է, այն միաժամանակ դառնում է նաև հայոց հոգևոր կենտրոն։ Միջնաբերդում կառուցվում է Մայր տաճարը, իսկ Հոիփսիմյան կույսերի նահատակման վայրերում՝ նրանց նվիրված մատուռները։ 5-րդ դարի կեսերին՝ Մայր աթոոը Դվին փոխադրելուց հետո, փաստորեն մինչև 7-րդ դարը Վաղարշապատր կորցնում է իր երբեմնի նշանակաթյանը։ 7-րդ դարում պարսկա-բյուզանդական հակամարտությունների ոլորտում գտնվող Հայաստանում՝ ինքնավարության առկայության տասնամյակներին պայմաններ են ստեղծվում քաղաքի տնտեսության և մշակույթի վերելքի համար, քաղաքային կյանքը Վաղարշապատում կրկին աշխուժանում է 4-րդ դարում հիմնված մատուռների փոխարեն մեկը մյուսի ետևից կառուցվում են Հռիփսիմեի (618 թ.) ու Գայանեի (680 թ.) եկեղեցիները, վերանորոգվում է Մայր տաճարը։ Վաղարշապատից Արտաշատ տանող ճանապարհի մոտ կառուցվում են Զվարթնոց տաճարը (641-661) ու նրան կից կաթողիկոսական նստոցը։ 15-րդ դարում Վաղարշապատում վերահաստատվում է կաթողիկոսարանը։ 13-15-րդ դարերից Վաղարշապատը դարձավ հայոց հոգևոր կենտրոնը, իսկ տաճարը՝ անկախ կաթողիկոսական աթոռանիստի տեղափոխություններից, պահպանեց մայր տաճարի առաջնային նշանակությունը։ 1828 թվականին Էջմիածինը Արևելյան Հայաստանի կազմում վերջնականապես միացվում է Ռուսաստանին։ Ռուսական կառավարությունը, նախկին իշխանությունների նման, նույնպես ճանաչում են միաբանության իրավունքներն Էջմիածնի վրա։ Չնայած 19-րդ դարի կեսից Էջմիածինը դառնում է Երևանի նահանգի Էջմիածնի վիճակի կենտրոնը, այնուամենայնիվ, բուն քաղաքը կառավարում էին կաթողիկոսարանն ու միաբանությունը՝ սինոդի հետ մեկտեղ։ Խորհրդային իշխանության առաջին օրերից Էջմիածինը դադարում է վանքապատկան լինելուց և դառնում Վաղարշապատի գավառի կենտրոնը։ Այժմ Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածին Մայր Տաճարը Ամենայն Հայոց կաթողիկոսների նստավայրն է։